Los cometidos de la División Salud Ocupacional son los siguientes:

1. Desarrollar actividades de promoción de salud y prevención de enfermedades, considerando las Condiciones y Medio Ambiente de Trabajo (CyMAT).
2. Desarrollar acciones que contribuyan a la rehabilitación ocupacional y reinserción laboral, entre otras, en coordinación con otros organismos.
3. Realizar el seguimiento y análisis de las certificaciones, evaluaciones médico laborales y actividades orientadas a mejorar la salud de los trabajadores de la ANEP.
4. Implementar estrategias de seguridad laboral, en relación con los mapas de riesgo.
5. Integrar las Comisiones Descentralizadas de la ANEP de acuerdo a la regionalización del servicio, con el objetivo de cumplir los cometidos de la División.